唐代，已设立运河漕运官署。漕运官员的主要职责是：将各地征集的粮食、贡品验收、保管、运输，并组织人力押送、护运；管理漕运船舻；还监督沿河百姓不得盗用漕河之水“溉田”，以保证运河的水量。

唐代初期，在户部设度支巡院郎中，从五品，管理水利漕运，但运河沿线并无专职官员。开元二十一年（733年），玄宗皇帝了解到大臣裴耀卿深谙漕运之事，“拜耀卿为黄门侍郎同中书门下平章事，兼江淮都转运使，以郑州刺史崔希逸、河南少甲萧炅为副使”，此为运河漕运设高官之始。

这时的漕运份量主要在黄河之南河段。在唐代，“自裴耀卿言漕事进用者常兼转运之职，而韦坚为最”。唐代漕运防务主要是“都转运使司”派员负责、派员押运，并无固定防务机构。沿运各段的河务管理均由当地节度使负责。如“汴宋节度使春夏遣官监汴水，察盗灌溉者”。

北宋，国都汴京，每年从江南运送来的税粮亦不下500万石。沿运各地均设分司，置漕臣。各地漕臣负责本地漕粮的集运，听候漕运物质的调用。如，绍圣年间，宋哲宗“诏淮、浙、江、湖六路上供米，计其远近分三限，自季冬至明年8月。在漕运业务上，亦属“发运使司”节制。宋代基层漕运单位称为“纲”，各有自己的船队、人员。宋哲宗绍圣二年（1095年），“通作二百纲”，即全国已有漕运单位200个。有关宋代漕运防卫，《宋史》卷175有载：“押汴河江南、荆湖纲运，七分差三班使臣，三分军大将、殿侍。”汴河，即运河中段，代指运河。“纲运”，宋代语言，即“漕运”。这里是说，江南纲、荆湖纲的漕运当差押运者，有七成隶属三班使臣，三成隶属大将、殿侍。换言之，有70%的押运者为漕运人员，30%的押运者为兵卒，这当是军队介入护漕的开始。

元代前期，基本无运河漕运，京城元大都需要的南方漕米、贡品，主要靠海运。至元二十九年（1292年），京杭运河全线贯通，南方漕米才通过运河运往京师。起初，漕运均交各省巡抚派员负责，沿线有行都水监协助。直至元惠宗至元二年（1336年），才在京畿都漕运司添设提调官、运副、运判各一员”，负责运河线上的漕运。但这个机构驻节京师，大凡具体的漕运、防务仍由各行省负责。为扩大漕运规模，朝廷曾“命三省造船两千艘于济州（今济宁）运粮”（《元史·食货志》）。

明清时期是京杭大运河的最繁盛时期，这时期设置的河漕机构规格高，分工细，作用大，经常受到皇帝的“眷顾”，许多官员也将任职河漕视为“肥缺”。

明代初年曾仿元制，洪武年间“尝置京畿都漕运司，设漕运使”，负责南方粮米贡品的河运事宜。漕运使，正四品，下设知事（正八品）、提控案牍（从九品）等官员。永乐年间（1403年-1424年），“设漕运总兵官，以平江伯陈瑄治漕”，总兵官为军职，此即以军兵代理漕运防护事宜。至景泰二年（1452年），“因漕运不继，始命副都御史王立总督，因兼巡抚淮、扬、访、凤四府，徐、和、滁三州，治淮安”。这是正式设立的漕运总督，正二品，并兼任当地巡抚，官衙设在淮安。二十年后的成化年间，任命的漕运总督不再兼任巡抚。嘉靖四十年（1561年），“改总督漕运兼提督军务”。漕运总督兼任漕运军职，成为明代后期及其清代常见的机构命官模式，军政合一在漕运管理中有着重要的意义，它有利于漕运管理的稳定，体现着漕运机构的重要地位与特色，这是发展漕运、促进沿河经济繁荣的组织保障。明代漕运总督属下还设有漕运行管机构——漕储道，驻浙江；漕运军事防务机构——卫、所。为保障运河沿岸的河道漕运防务，运河沿岸重镇均设立了卫所。如：德州卫、临清卫、济宁卫、徐州卫、邳州卫、淮安卫、高邮卫、扬州卫、镇江卫、杭州卫等，其隶属关系并非全部属于河、漕衙门，但强化沿运防务是明代军事布防的基本宗旨。

清代漕运防务较多地沿袭了明代晚期的设防格局，但又有调整。京杭运河“漕运总督部院署”仍驻节淮安，其下属防务机构“标兵及左右营如制，将领九或八人，兵共四千有奇”。设“苏州、镇江、浦口、安庆、池太、东山、广德八镇总兵官”。《清史稿·兵志二》又云：“漕运总督统辖各卫所外，复统辖旗、绿，漕标三营，兼辖淮安城守营。”共计七营。七营的防务分工，《清史稿·兵志六》有载：“漕运总督水师标营，分中、左、右、城守四营。以中、左、右三营任护漕之责；以城守四营任地方之责；驻山阳（今淮安市——笔者注）境及漕运所驻之地。其运挽漕粮，则以卫卒任之”。